Sim é perfeitamente possível fechar a empresa com dívidas, nenhum órgão publico solicita certidões de qualquer natureza para encerrar um CNPJ.

Mas fique atento que os débitos irão recair sobre os sócios que solicitarem o encerramento.

Consulte um contador e um advogado para verificar as consequências do encerramento com débitos.